複製先のターゲットのライブラリ検索パスにゴミが溜まっていきます。Xcode 3.2.1で確認。
こいつに出くわすのは、標準以外の場所にリンクしたいライブラリが置かれていて、そこへのパスが設定されているターゲットを複製する時です。
図の通りですが、コピー元のターゲット設定に入っているライブラリ検索パスが、ターゲットの複製操作によって作られたコピー先の設定では、パスの前後に不要な'\'(バックスラッシュ)が入っています。
これが入っているおかげで、コピー先のターゲットはビルド出来ません。(ライブラリが見つからないというエラーが出る。)解消するには不要なバックスラッシュをとってやります。
複数ターゲットを持たせて、それぞれでリンクするライブラリが同じなら、プロジェクト設定のライブラリ検索パスに最初から入れておくのがよいのでしょう。でもそれってIDE上で対象ライブラリを追加しているので二度手間感があって、IDE大好き派としてはイヤなんですけどね。
まあ、バグなのかな。あとでレポートしておきます。